集团采取单位会员制。凡具有独立法人资格，自愿遵守集团章程，并愿意履行章程规定的义务，有一定社会影响的相关职业院校、医疗机构、药品生产和经营企业均可申请加盟。

  集团的办事机构为“吉林医药职业教育集团理事会”。理事会下设常务理事会、秘书处和专业委员会等机构。理事会是集团最高权力机构，常务理事会是理事会的执行机构，在理事会的领导下进行工作；秘书处设在长春医学高等专科学校，具体负责集团的日常工作事务；理事会下设临床医学、护理、药学等若干专业委员会。秘书处和专业委员会是集团的常设机构。